הנחת החוקרים כיום היא כי זיקוק הוויסקי החל כבר במאה ה-11, על אף שהתיעוד הממשי לקיומו של המשקה מופיע לראשונה במאה ה-13.
מקור שמו של הוויסקי מגיע מהשפות הקלטיות. במקור נקרא המשקה "ויסקי באה" (uisge beatha באיות אירי או uisge baugh באיות סקוטי) שמשמעותו המילולית היא: "מי החיים".
כיום חולשות על שוק ייצור הוויסקי חמש מדינות: אירלנד, סקוטלנד, ארצות הברית קנדה ויפן, ובתחומיהן נעשית מרביתו של הייצור העולמי.
את תהליך הכנת הוויסקי ניתן לחלק לשישה שלבים נפרדים:
הלתתה - השריית גרעיני שעורה במים למשך כמה ימים (מה שגורם למשקה זה להיחשב חמץ גמור). לאחר ההשריה, שוטחים את הגרעינים הלחים על ריצפה של מקום גדול, עד שהם מגיעים נובטים. תוך כדי ההשריה יש לאוורר את הגרעינים כדי לא יתחממו יתר על המידה. במהלך ההנבטה, גרעיני השעורה מצמיחים שורשים קטנים ומייצרים אנזימים שבהמשך יגרמו להפיכת העמילן לסוכרים.
כעבור כחמישה ימים, מעבירים את הגרעינים המונבטים למעין כבשן שרצפתו מחוררת ותחתיה בוערת אש (חומר הבערה הוא אדמת "כבול"). חום הכבשן גורם להפסקת תהליך ההנבטה, ואילו העשן הנפלט מאדמת הכבול הבוערת מוסיף טעם לגרעינים. לאחר שלב זה מכונים הגרעינים "לתת" ("מאלט").
תסיסה - טוחנים את הלתת המיובש לקמח גס הנקרא "גריסט". מערבבים (באמצעות כלי המכונה "מאש טאן") במים בחום של כ-67 מעלות צלזיוס. שואבים את המים ומרתיחים את ה"גריסט" שנית ושלישית עד להגעה לנקודת רתיחה. בתום שלב זה מתקבלת תערובת המכונה "מאש".
בוחשים את ה"מאש" כדי לזרז את הפיכת העמילן לסוכרים, ובתום התהליך מופק נוזל מתוק הנקרא "וורט", אותו מקררים לטמפרטורה של 20 מעלות צלזיוס בכלי המכונה "וואשבאק".
בתוך מיכל ה"וואשבאק" מתחיל תהליך התסיסה של הנוזל על ידי הוספת שמרים המאכלים את הסוכרים ומפיקים מהם אלכוהול ופחמן דו חמצני. פעולה זו נמשכת כיומיים ובמהלכה נוצרים גם חומרים נוספים אשר מוסיפים טעם לוויסקי. בתום תהליך זה מתקבלת עיסה צמיגה המכילה כ-8% אלכוהול.
זיקוק - לאחר קבלת העיסה האלכוהולית בשלב התסיסה, מסננים את התוצר ומעבירים אותו לזיקוק. זיקוק הוויסקי מבוצע באחת משתי שיטות:
זיקוק דודי - זוהי השיטה המסורתית לזיקוק ומשתמשים בה לזיקוק ויסקי איכותי (סינגל מאלט). בשיטה זו מחממים את הנוזל בדוד נחושת וכתוצאה מכך מתאדה האלכוהול שבו. אדי האלכוהול נלכדים ומקוררים בצינורות מפותלים וחוזרים להיות נוזל שנפחו קטן משל הנוזל המקורי אך אחוז האלכוהול בו גבוה. שיטה זו יוצרת ויסקי איכותי, אך חסרונה הוא בכך שניתן לזקק כמות קטנה מאוד של נוזל וגם זאת לאורך פרק זמן ארוך יחסית.
זיקוק רציף - שיטה מודרנית וזולה יותר לזיקוק הוויסקי, שממנה מתקבל ויסקי גריין. בשיטה זו מועבר הנוזל דרך מערכת של מכלים אשר בכל אחד מהם הוא מזוקק במעט. בין המכלים ישנה מערכת שסתומים המאפשרת מעבר של הנוזל למכל הבא רק אם הוא הגיע לרמת האלכוהול הרצויה לשלב בו הוא נמצא. אם הנוזל אינו ברמה אלכוהולית מספקת הוא חוזר לתחתית המכל ומתחיל את התהליך מההתחלה. שיטה זו היא כאמור זולה ומהירה יותר, אך הוויסקי שמתקבל בה נחשב למשקה מאיכות ירודה יותר.
את הוויסקי מקובל לזקק לפחות פעמיים, כך שבתום תהליך הזיקוק יכולה רמת האלכוהול בנוזל להגיע עד ל-70%.
יישון - הנוזל האלכוהולי מועבר לחביות עץ אלון שם הוא מדולל ל-63% אלכוהול. תוך כדי השהייה בחביות שנמשכת בין 3 (התקן המינימלי בסקוטלנד ובאירלנד) ל-21 שנים ואף יותר סופג הנוזל מהחביות ארומה מיוחדת וכמו כן את צבעו הזהוב (יש מפעלים אשר מוסיפים את הצבע באמצעות שריפה של פחמים בתוך החביות). במרבית מפעלי ייצור הוויסקי נהוג ליישן את הוויסקי בחביות ששימשו בעבר לאחסון ויסקי, בורבון (ויסקי אמריקאי) או יין. במיוחד נפוץ ליישן את הוויסקי בחביות עץ אלון ששימשו ליין "שרי" אדום מתוק, המיוצר מענבים בספרד. חביות שיושן בהם יין שרי זה מספיגות כמויות קטנות של סוכר ענבים אשר מוסיפות לוויסקי מתיקות עדינה ביותר.
סינון - בתום היישון מסונן המשקה בפעם האחרונה לפני הביקבוק. סינון זה מתבצע על ידי קירור הנוזל לטמפרטורה הקרובה ל-0°C וכשהוא קר דיו, מעבירים אותו דרך מסנן דק ביותר. תהליך זה מונע מהנוזל לקבל עכירות ומנקה אותו לחלוטין. כיוון שתהליך זה פוגע מעט בטעמו הסופי של המשקה, ישנם מותגי ויסקי בהם לא מבוצע שלב זה בתהליך היצור.
בלנדר - שלב הערבוב. בויסקי אשר אינם "סינגל מאלט" (לתת בודדה), מערבב ה"מאסטר בלנדר" סוגי ויסקי שונים לקבלת ויסקי בעל טעם מסוים ביותר. הערבוב מגיע לעשרות סוגי ויסקי בבקבוק אחד מתוך כמאתיים אפשרויות. אחד מהסוגים המעורבבים ביותר מיוצר בחברת "ג'וני ווקר" ומכיל כ-40 סוגי ויסקי שונים.
יש המייצרים מהוויסקי גם ליקר מתוק מיוחד המכונה "דרמבוי" ומיוצר בסקוטלנד.
ביקבוק - בתום תקופת היישון מועבר הוויסקי המוכן לבקבוקים, מקבל תווית ונשלח לשיווק. אם בתום תהליך היישון מתקבל משקה בעל אחוזי אלכוהול גבוהים מדי, מוסיפים לו מים זכים כדי לדלל אותו לרמת האלכוהול הרצויה ורק לאחר מכן מבקבקים אותו.